立法院は2012年7月25日、所得税法及び所得税基本税額条例の一部条文改正案をそれぞれ可決し、2013年から個人に対する証券取引所得税の課税を復活させ、最低税負担制度関連課税規定を削除し、総合所得税課税に立ち戻ることになった。但し、個人の総合所得計算には組み入れず、分離課税方式を採用して課税される。営利事業者の証券取引所得については、最低税負担制度での課税を維持するが、基本所得控除額は50万台湾元に引き下げられる。

営利事業者の証券取引所得の課税は、法改正後も最低税負担制度方式での課税が維持される。但し、2013年から、基本所得控除額が現行の200万台湾元から50万台湾元に引き下げられ、税率は現行の10％~12%から12％~15%に引き上げられる。「5年以内の利益と損失を相殺できる」とする現行制度は維持され、「満3年以上保有する株式の取引所得から満3年保有の損失を差し引いた後、残った金額の半分を所得課税の対象とする」旨の規定を新たに設けた。法改正前に議論されていた「台湾に固定の営業場所及び営業代理人をもたない営利事業者を課税対象に加える」ことは、今回の法改正では採用されなかった。したがって、外国の機関投資家がもし台湾に固定の営業場所及び営業代理人をもたないのであれば、その証券取引所得は依然として所得税課税が免除される。

個人証券取引所得の総合所得税課税再開は、二段階に分けて実施される。第一段階として、2013年及び2014年に「見なし所得課税」と「実額課税」の2つの方式が採用され、第二段階として、2015年以降は「実額課税」のみの単独方式となる。

「見なし所得課税」方式は、上場、店頭公開、新規株式公開（IPO）株式の売買のみに適用され、台湾証券交易所株価指数により、8500ポイント未満では所得ゼロと推計され、8500ポイント以上では、それぞれの株価指数に応じて、売却額の0.02%〜0.06%の税率で計算した所得税が源泉徴収される。実額課税方式では、売却収入から原始取得コストと必要な費用を差し引いて証券取引所得を算出した後、単一の税率15%をかけて、それぞれ税額を分けて計算するが、総合所得税と一緒に納付申告する。また当年度同一個人の証券取引の利益と損失は相殺することができる。同じ株式を1年以上保有した場合、所得課税の税率を半分に減額し、初めて上場、店頭公開及び新規株式公開（IPO）された株式を3年以上保有した場合、所得課税の税率を4分の1に減額する。

第一段階即ち2013年及び2014年度は、個人の証券売買にもし以下の情況があれば、「実額課税」方式によるものとする。

1. 

未上場、未店頭公開の株式。

2. 

当該年度の売却数が100,000株以上の新規株式公開（IPO）株式。

3. 

初めて上場、店頭公開する前に取得した株式を、上場、店頭公開後に売却する場合。 但し、2012年12月31日以前に初めて上場、店頭公開した株式と、初めて株式を上場、店頭公開した会社の株式を引受によって取得し、数が10,000株未満のものを除く。

4. 

中華民国内に居住していない個人が、もし、上場、店頭公開及び新規株式公開（IPO）で売買された株式しか保有しておらず、かつ上記の実額課税すべき情況に属さない場合、その証券取引所得の課税方式は、年度開始前に、前もって、実額課税又は「見なし所得課税」方式での課税を選択することができる。但し、選定後は、当年度中は変更することができない。

第二段階即ち2015年以降、個人の証券売買には、上記4種類の情況についても実額課税方式が適用されるほか、当年度に上場、店頭公開及び新規株式公開（IPO）株式を売却した取引金額が10億台湾元以上の場合にも、実額課税方式が適用されなければならない。これに準ずると、上記5種類の情況を除き、個人が上場、店頭公開及び新規株式公開（IPO）で売買した株式は、法改正後の条文の規定により、その証券取引所得はゼロとして計算され、即ち、税負担がなく、免税と同じである。