「産業創新條例」（「産業イノベーション条例」）第10条第1項には「産業イノベーションを促進するため、会社は、研究開発に投資した支出額の15％を限度として、当該年度に納付すべき営利事業所得税額から控除することができるが、当該控除の額は当該会社が当該年度に納付すべき営利所得税額の30％を上限とする」と規定されている。経済部及び財政部は2010年11月8日に「公司研究発展支出適用投資抵減弁法」（「会社の研究開発支出に対する投資控除適用に関する規則」）を公布し、2010年1月1日から施行した。

会社が「研究開発を奨励する目的に合致しているか否か」及び「研究開発を奨励する活動範囲に属しているか否か」につき、徴税側と納税側の双方に紛争が生じることを少なくするため、当該規則第12条には、「納税義務者は当該年度の営利事業所得税の確定申告期間が始まる3か月前から申告期間終了後1か月までの間に、当該条第1項の関連書類を添えて中央目的事業主管機関に対し当該年度の研究開発活動が『公司研究発展支出適用投資抵減弁法』第2条及び第3条の規定に合致するか否かの認定申請を行わなければならず、かかる申請を行ってはじめて投資控除の奨励規定が適用されることができる」とする規定を新たに追加した。目的事業の中央主管機関は、その研究開発について専門的な意見を作成し、これによって紛争発生を減らす。

会社は、当該年度の営利事業所得税の確定申告を行う際に、規定の書式に基づき研究開発支出を作成するとともに、当該規則第12条第1項に規定される書類を添えて、会社所在地の徴税機関に投資控除額を審査、決定するよう申請しなければならない。