行政管理と商業登録を分離するため、行政院は2009年4月13日から「営利事業統一発証制度」を廃止することを決定した。

「営利事業統一発証制度」の廃止後、会社組織は「公司法」（「会社法」）により会社設立又は変更登録を行い、また独立資本、合弁ビジネスは「商業登記法」により商業設立又は変更登録を行うが、いずれの場合も、今後、当該各会社又はビジネス所在地の地方自治体に対して「営利事業設立又は変更登録」の手続きを行う必要はなく、当該地方自治体から「営利事業登記証」を取得する必要もない。その後、会社組織又は独立資本、合弁ビジネスは、主務官庁の発行した会社登録又は商業登録許可書をその主体登録の証明書類とすることができる。ただし、注意すべきことは、（1）各業種別に適用すべき使用区分法令は依然として変わらず、かつ、（2）当該各会社又はビジネスは依然としてその所在地の税務機関に対して関連する営業登録又は変更登録を申請しなければならない（関連する書式等は現在作成中）、という点である。今回の改正に合わせるため、会社登録機関は登記許可と同時に電子公文書をもって、税務、都市計画、建設、消防、衛生等の部門にも通知し、それが主管する法令の指導又は管理を行う便宜を図る。

また、「公司法」第393条第2項及び「商業登記法」第26条第2項の規定により、主務官庁は登録事項を情報サイトに公開しなければならず、業者又は一般民衆は経済部又は地方自治体の情報サイトを通じて最新の登録資料を検索することができ、これによって取引上の安全を守ることができる。各政府機関についても「e政府共通プラットフォーム」を通じて会社又は商業登録資料を入手する方法で処理することができ、データベース共有のメカニズムにより横の連携を強化することで、営利事業連合審査メカニズムに代える。