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商標並存同意並非萬靈丹
商標並存同意是指允許不同企業或個人在同一或類似之商品或服務上使用相同或相似的商標。然而，這並不意味著商標並存同意是一種萬靈丹，必然可以解決所有商標衝突問題。商標並存註冊同意或協議是否為商標主管機關或各級法院審理商標衝突案件時所接受，同為海峽兩岸商標註冊申請實務經常面臨之重要議題。
台灣方面：
商標法第30條第1項所規範之商標不得註冊之事由，商標註冊申請被核駁時，較常被援引的3項條款，乃是該條項的第10款、第11款及第12款，分別如下：
十、相同或近似於他人同一或類似商品或服務之註冊商標或申請在先之商標，有致相關消費者混淆誤認之虞者。但經該註冊商標或申請在先之商標所有人同意申請，且非顯屬不當者，不在此限。
十一、相同或近似於他人著名商標或標章，有致相關公眾混淆誤認之虞，或有減損著名商標或標章之識別性或信譽之虞者。但得該商標或標章之所有人同意申請註冊者，不在此限。
十二、相同或近似於他人先使用於同一或類似商品或服務之商標，而申請人因與該他人間具有契約、地緣、業務往來或其他關係，知悉他人商標存在，意圖仿襲而申請註冊者。但經其同意申請註冊者，不在此限。
商標註冊申請人如果要克服商標法第30條第1項第10款、第11款或第12款之障礙事是由，其中一個較為簡易之方式乃是依據該等條款但書的規定，由引據核駁商標之商標申請人或商標權人提出商標並存註冊同意書或商標並存註冊協議，藉以克服。
然而商標並存註冊同意書或商標並存註冊協議並非萬靈丹，仍有若干條件之限制：
1. 依據商標法第30條第1項第10款但書規定，商標並存註冊之前提必須「非顯屬不當」。至於何謂「顯屬不當」，依據商標法施行細則第30條規定，則指下列三種情事：
a. 申請註冊商標相同於註冊或申請在先商標，且指定使用於同一商品或服務者。
b. 註冊商標經法院禁止處分者。
c. 其他商標專責機關認有顯屬不當之情形者。
2. 審查人員於核駁理由先行通知書提供避免註冊衝突的可能方案，僅係依法律適用的情形提供申請人參考，故並非提出引據商標權人出具的並存同意書，即認為無商標法第30條第1項第10款規定的適用，審查人員尚須進一步審查是否有該款但書所稱「顯屬不當」的情形。（引述智慧財產局商標FAQ 2.2.12）
3. 商標申請案之申請人或關係人為本國公司，且雙方代表人為同一人，為免違反公司法之規定，並存同意書應蓋公司大小印鑑外，另由不執行業務股東（有限公司）或監察人（股份有限公司）為代表簽章，並附經濟部公司登記事項卡正反面影本或蓋有股東印章之股東名冊影本。（引述智慧財產局商標FAQ 2.2.24）
4. 依據智慧財產局目前實務要求暨該局所公告之商標並存註冊同意書或協議之制式範例，該同意書或協議必須載明下列類似用詞：商標並存同意出具人明瞭經同意並存註冊後，未來其申請註冊之商標如與經同意並存註冊之商標相同或近似，且指定使用於相同或類似商品或服務時，需徵得該商標所有人同意，始可獲准註冊。
中國大陸方面：
至於中國大陸方面，因商標法並無商標並存註冊同意或協議之明文規範，長期以來商標並存註冊同意或協議是否為商標主管機關或各級法院所接受，均視個案而言，並無真正具體明確標準可以依循。不過主要之關鍵點，在於是否仍有引起消費者混淆誤認之可能性。
2012年以前幾乎沒有接受商標並存註冊同意或協議之具體案例。其後陸續出現接受商標並存註冊同意或協議之個案，但近年來，實務審查趨近嚴格。
現階段實務案例曾經援引作為商標並存註冊同意或協議之依據者，主要是2014年5月28日國家工商行政管理總局令第65號公布且自2014年6月1日起施行之「商標評審規則」第8條第1項所規定之「在商標評審期間，當事人有權依法處分自己的商標權和與商標評審有關的權利。在不損害社會公共利益、協力廠商權利的前提下，當事人之間可以自行或者經調解以書面方式達成和解。」。
至於各級法院審理具體案件時，也曾揭示商標並存註冊同意或協議可以接受之條件，包括2018年7月北京市高級人民法院民三庭發布的「當前知識產權審判中需要注意的若干法律問題（2018）」及2019年4月15日北京市高級人民法院所揭示的「商標授權確權行政案件審理指南」。