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以權利歸屬爭議為由提出舉發之前，是否需先經民事訴訟確認權利歸屬？
我國專利法第71條第1項第3款、第119條第1項第3款、第141條第1項第3款已明定無論發明、新型、或設計專利，若名義上專利權人並非真正專利申請權人，利害關係人得對該等專利提起舉發。惟專利審查基準第五篇第一章中，提及智慧財產局「審查有關專利申請權爭執僅就舉發人所提理由及證據之形式進行審查」、「對於專利申請權之私權歸屬，非專利專責機關所得管轄且屬事實認定，利害關係人如有疑義或認為侵害其權益，應循司法救濟程序解決」、「舉發人主張專利權人剽竊其創作，因非專利專責機關所得管轄且屬事實之認定，應提出依其他法令取得之調解、仲裁或判決文件等證據證明之」，準此，受理舉發之智慧財產局似未必會就專利申請權之歸屬爭議為實質之事實調查。
智慧財產法院過去判決亦似認為民事法院較專利專責機關更能決定專利權客體的權利歸屬，例如該法院於104年11月26日作成之104年度民專上字第22號民事判決，即謂：「除舉發人所附舉發證明文件即足推翻新型專利權人為真正專利申請權人外，實務上，專利專責機關通常不就事涉私權爭執之專利申請權人誰屬予以裁斷，而要求舉發人檢附有確定私權效力之調解、仲裁或判決文件申請變更權利人名義（最高行政法院89年度判字第1752號判決參照）。因此，有關專利申請權之歸屬發生爭執時，當事人自得提起民事訴訟，由民事法院判斷專利申請權之歸屬後，再由真正權利人提出確定判決書向智慧局申請變更權利人名義」。
然而，最高行政法院於109年6月11日作成之109年度判字第325號行政判決，似採不同見解。
本件被上訴人（原審原告）為一光學元件廠A（下稱A廠），上訴人（原審參加人）光學元件廠B（下稱B廠）則為新型專利「遮光片送料機構」（下稱系爭專利）之專利權人。嗣A廠以該等專利之內容係訴外人OOO等於任職原告期間之創作，為其營業秘密，B廠並非該新型專利之真正專利申請權人為由，依法提出舉發，經智慧財產局（下稱IPO）認為A廠所提之證據不足以證明A廠具有系爭專利申請權，審定舉發不成立。A廠再提起訴願，亦遭經濟部駁回，嗣向智慧財產法院提起本件行政訴訟。
智慧財產法院一審判決A廠勝訴（106年度行專訴72號判決，108年4月18日），命被告IPO就系爭專利應作成「請求項1至5舉發成立，應予撤銷專利權」之審定。智慧財產法院於判決中表示：
(1) A廠係以核准時專利法第107條第1項第3款規定提起舉發（按：即現行專利法第119條第1項第3款），該款之舉發雖限於利害關係人方得提起，但並未規定須取得民事確定判決認定為真正之專利申請權人始得以本款提起舉發。
(2) 本件之主要爭點並非在於A廠是否具有專利申請權，而係B廠是否為合法之專利申請權人。由於A廠所提之舉發證據已揭露系爭專利之主要技術特徵，B廠又無法證明其發明歷程，故B廠應非系爭專利之合法申請權人。
B廠雖提起上訴，惟最高行政法院在日前作成之109年度判字第325號判決，仍維持原審見解，並謂：「新型專利權人是否為非新型專利申請權人而應撤銷其新型專利權，依法應由舉發人附具創作該新型之證據證明之，專利專責機關應審查系爭專利申請專利範圍所載之技術與舉發證據之創作構思、技術手段及功效於實質上有無差異，如系爭專利申請專利範圍中所載之技術與舉發證據所揭露之技術並無實質差異，且新型專利權人未能提出系爭專利申請專利範圍所載技術之合理創作過程，而足以證明新型專利權人不具有專利申請權，縱舉發證據與系爭專利申請專利範圍之文字或專利說明書之圖式於形式上不完全相同，亦應為舉發成立之審定」。