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智慧財產法院就新專利法第97條第1項第2款所得利益計算之判決觀察
修正前專利法第85條第1項第2款規定專利權人可選擇以「侵害人因侵害行為所得之利益」（總利益）作為損害賠償計算之基礎；但復規定「於侵害人不能就其成本或必要費用舉證時，以銷售該項物品全部收入為所得利益」（總銷售額），亦即侵害人得就其「成本」及「必要費用」舉證，以降低損害賠償責任。針對該款之適用，於智慧財產法院原已漸成共識，亦即多數判決見解認定逕採財政部公布之同業利潤標準計算並非妥適，此等見解並經最高法院於100年度台上字第1091號判決所肯認；智慧財產法院並具體落實由侵害人就成本及必要費用舉證而計算其毛利，且該成本及必要費用應僅限於侵害人為銷售侵權產品所直接投入之製造成本及必要之費用，而不能將侵害人經營事業之其他固定成本及費用納入；如未能舉證，則以全部收入計算損害賠償金額。
俟新專利法於100年12月21日全文修正通過（並於102年1月1日起施行），將前開條文修正於於第97條第1項第2款，雖保留前述「侵害人因侵害行為所得之利益」部分，但將後段均予刪除，亦即僅保留總利益說，而刪除總銷售額說，其修正理由記載：「現行規定採總銷售說，…其所得之賠償顯有過當之嫌。爰刪除該款後段，於請求損害賠償時，依實際個案情況衡量計算之」。此等修正影響損害賠償之計算及舉證責任之分配，故自修法以來即引發專利權人及實務工作者之關切。
自新法施行迄今逾一年半，目前已有若干智慧財產法院之判決，適用新法第97條第1項第2款計算損害賠償，部分判決仍採用先前達成之共識，即由侵害人就其「成本」及「必要費用」舉證以計算損害賠償金額，但亦有部分判決已回歸「同業利潤標準」之「淨利」數據為損害賠償之計算。茲簡要彙整如下：
l 侵害人就其「成本」及「必要費用」舉證
查智慧財產法院102年度民專訴字第78號（2014年1月）、102年度民專訴字第69號判決（2014年4月）及102年度民專訴字第115號（2014年4月）於原告主張依專利法第97條第1項第2款規定計算被告所得利益時，均仍以侵權產品售價扣除被告所提出之成本資料，再乘以銷售數量以計算賠償金額。惟，其中並未明確分析說明該等成本是否限於侵害人為銷售侵權產品所直接投入之製造成本及必要之費用，或亦包括其他固定成本及費用。
l 「同業利潤標準」之「淨利」
另一方面，102年度民專訴字第3號判決（2013年12月）則詳為陳述本次修法之立法理由及其修正精神，並重申損害填補原則，即「按侵權行為賠償損害之請求權，乃在填補被害人之實際損害，而非更予以利益」。其並說明縱使於修正前專利法第85條第1項第2款，雖因權利人舉證損害發生之金額及侵害行為與損害間之因果關係等困難，故於後段增加舉證責任轉換之規定，但「惟無論係依前段或後段之規定請求，均無使專利權人填補損害過度之意」。根據前述原則，該判決明確揭示於新專利法第97條第1項第2款保留前段「總利益說」，係因「考量專利權人舉證之困難度及預防、遏止侵權行為之發生」，而「得依實際個案情況衡量計算之」。
自該判決所揭示之原理觀之，其似未否定於「實際個案情況衡量計算」時，仍得依過往由侵害人舉證其「成本」及「必要費用」之方式計算。惟查，於該具體個案中，原、被告業已合意就被告之總營業額乘以財政部公布之同業利潤標準，僅就毛利或淨利有所爭執。就此，因該案被告之營業項目僅有製造銷售被控侵權產品，故該判決認定：被告「之營業額自均屬製造銷售系爭產品之收入」，且「營業費用亦均與製造銷售系爭產品直接相關」，「而該等營業費用於無被告…侵害專利之行為，權利人製造銷售系爭專利產品時亦會發生，故該等營業費用自應從…銷售額扣除，方屬倘無侵害人侵害專利之行為，權利人將因此可以得到之利益，故原告主張應以同業利潤標準之毛利率計算損害賠償額，洵非有據，而應以同業利潤標準之淨利率計算之。」此等法律分析似回歸至「專利權人實際損害」之角度予以個案衡量，而認定權利人自行製造銷售時亦會產生營業費用，故以淨利計算損害賠償金額。
102年度民專訴字第56號判決（2014年5月）亦採相同之分析方式，亦採用同業利潤標準之淨利率計算損害賠償。該判決並另闡明：「財政部每年均就營利事業各種同業，核定利潤標準，作為課徵所得稅之依據，其核定之同業利潤標準，係依據各業抽樣調查並徵詢各該業同業公會之意見而為核定，可謂依統計及經驗所定之標準，本院於酌定損害額時自得參酌之。」
由上述判決現況觀之，新法施行後，目前有三件判決仍採由侵害人就其「成本」及「必要費用」舉證之方式計算損害賠償金額，但另有二件判決則詳為分析本次修正意旨，並明確闡釋法院得參酌同業利潤標準之淨利潤率計算損害賠償金額。由於上述五件判決均為一審判決，其上訴至智慧財產法院二審後之判決發展，應可能產生智慧財產法院之新共識，實值關注追蹤。