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2011年11月29日立法院通過、將在2013年1月1日的新專利法，堪稱是近十幾年來變動幅度最大、最為複雜的一次修正；尤其在專利申請程序方面，新專利法的變革更是不容忽視，對於專利申請人及從事專利代理業務的專利師或專利代理人而言，更需謹慎注意，以避免因申請程序上的瑕疵而影響權益。
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其中，在相關證明文件的法定補正期間方面，有下列兩項重要的改變：
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於申請專利時主張國際優先權者，應檢送優先權證明文件之期間（新專利法第29條第2項）
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為保障專利申請人的權益，台灣專利法自1994年引入「國際優先權」制度，於當時專利法中明訂：「申請人就相同發明在與中華民國相互承認優先權之外國第一次依法申請專利，並於第一次提出申請專利之次日起12個月內，向中華民國提出申請專利者，得享有優先權」（「第一次於外國依法申請之專利」簡稱為「優先權基礎案」）。一個專利申請案可有複數個優先權主張。對於享有優先權者，於審查其申請專利之發明是否具備新穎性與進步性等專利要件時，係以「優先權日」（亦即優先權基礎案之申請日）之前的先前技術為比對之基準，而非以台灣的「專利申請日」為準。
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依據1994年專利法，主張優先權者，應於申請專利同時提出聲明，並於申請書中載明在優先權基礎案在外國之申請日、申請案號數及受理該申請之國家。此外，申請人應於申請之日起3個月內檢送經該國政府證明受理之申請文件（簡稱「優先權證明文件」）；未於申請時提出聲明或逾期未檢送者，則喪失優先權。此種可事後檢送優先權證明文件之制度，於後來的幾次修法中仍繼續存在，僅在2004年施行之現行專利法第28條中，將上述「申請之日起3個月內應檢送優先權證明文件」的限制，放寬為「申請日起4個月內」。
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惟新專利法第29條第2項則將上開「申請日起四個月內」之檢送優先權證明文件法定期間，修正為「最早之優先權日後16個月內」；依其立法理由所示，此項修正係參照日本特許法第43條第2項、歐洲專利公約施行細則（Implementing Regulations to the Convention on the Grant of European Patents）第52條等規定而來。
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申請生物材料或利用生物材料之發明專利者，應檢送寄存證明文件之期間（新專利法第27條第2、3項）
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台灣於1994年專利法中開放「微生物新品種」之發明得作為申請專利之標的，但以台灣藉申請人以及與台灣有微生物新品種互惠關係之國民為限。當時專利法係規定，除該微生物為熟習該項技術者易於獲得者以外，申請人應於申請前將該微生物寄存於專利專責機關指定之國內寄存機構，並於申請時附具寄存機構之寄存證明文件。
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2001年10月修正公布之專利法，將上述檢送寄存證明文件之期間，放寬為「申請之次日起三個月內」，此規定並為2004年施行迄今之現行專利法所沿用（但2004年之專利法將「微生物新品種」正名為「生物材料或利用生物材料之發明」）。
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惟新專利法對上述沿用十餘年的法定期間設有不同規範：依新專利法第27條第2項，檢送寄存證明文件之期間改為「申請日後4個月」；但同條第3項進一步規定：若有主張國際優先權者，則應以「最早之優先權日後16個月內」為檢送寄存證明文件之期間。根據其立法理由，後者係參考歐洲專利公約施行細則第31條第2項規定而來。
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上述兩項證明文件的補正期間，均改以「最早優先權日後16個月」為準，其起算基礎均為「最早之優先權日」。相較於舊法時期係以「專利申請日」做為法定期間起算點，此項新措施除涉及實務面之操作變革，更引發法律解釋上之問題。
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問題點
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按「優先權」之主張並非全然不會變化者。例如，在下列三種情形，即可能有所異動：
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1. |
申請人雖於申請時主張某項優先權，但嗣後因某種考量，而將該優先權之主張撤回；
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2. |
申請人雖於申請時未主張某項優先權，但嗣後循「回復優先權主張」之程序新增之（新專利法第29條第4項）；以及
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3. |
申請人雖於申請時主張某項優先權，但嗣後因為無法於法定期間內檢送優先權證明文件，而依法被視為「未主張」（新專利法第29條第3項）。
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此時，所謂之「最早之優先權日」是否會隨著變動，即成為問題。而一旦「最早之優先權日」變更，則上述「優先權證明文件」與「生物材料寄存證明文件」之法定補正期間，亦會隨著改變；換言之，此等證明文件之補正期間可能將成為浮動的期間，造成專利申請人管控期限之困難及複雜性。
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智慧財產局之立場
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對於上述第1種情況，台灣智慧財產局於2012年11月22日預告修正之「專利審查基準第一篇程序審查及專利權管理」草案第七章「優先權、優惠期」中，明白表示：
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「撤回國際優先權主張，應於專利申請案審定前以書面為之。主張複複數優先權者，得撤回全部或部分優先權主張。撤回國際優先權主張，致申請案的最早優先權日變更時，自優先權之次日起算的各種期限尚未屆滿者，該期限應自變更後的最早優先權日或申請日之次日起算。」
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換言之，當申請人於嗣後因故撤回某項優先權主張時，若其優先權日乃申請人原所主張複數優先權中最早者，則「最早之優先權日」將因而遞移至次早優先權日，致前述證明文件補正期間之起算點亦隨之延後。
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由專利審查基準上開規定，可推知智慧財產局的立場應係將「最早之優先權日」之認定，以專利申請人所「主張」者為依據。準此，對於第2種情況，亦即當申請人嗣後循新專利法第29條第4項「回復優先權主張」之程序，新增一原未主張之優先權主張，且該新增之優先權主張的優先權日早於原有其他優先權主張時，由於申請人所主張之優先權已有變動，其「最早之優先權日」將被提前，致前述證明文件補正期間亦被提前。
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至於上述第3種情形，亦即原來的優先權主張被視為「未主張」時，因為此等法律效果係基於法律規定（新專利法第29條第3項）而發生，並非申請人出於己意而「主張」者，是以，若該被視為「未主張」者，恰為原所主張之「最早之優先權日」，則前述證明文件補正期間之計算，仍以該原主張之「最早之優先權日」為基礎，不會因為嗣後發生之法律效果，而變動期間之計算。
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案例
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依此，設若專利申請人於台灣申請專利時主張A、B、C三項優先權，其優先權日依序為a、b、c，亦即「最早之優先權日」為a。則申請人本應於「a+16個月」之期間內檢送A、B、C三項優先權證明文件及/或寄存證明文件。然：
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1. |
若申請人於「a+16個月」之期間內，撤回A優先權主張，則最早之優先權日遞延為b，申請人應於「b+16個月」之期間內檢送B、C二項優先權證明文件及/或寄存證明文件。
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2. |
若申請人嗣後發現有一更早之優先權X可主張，其優先權日為x，其可於「x+16個月」內循「回復優先權程序」新增X優先權主張。此時，「最早之優先權日」將提前為x，申請人應於「x+16個月」之期間內檢送X、A、B、C四項優先權證明文件及/或寄存證明文件。
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3. |
若申請人仍主張A、B、C三項優先權，卻因故無法於「a+16個月」期間內檢送A優先權證明文件，此時A優先權固將被視為「未主張」，但B、C之優先權證明文件及/或寄存證明文件之補正期間，仍以「a+16個月」為準，除非申請人於此期間內先將A優先權主張撤回，使「最早之優先權日」延後為b。
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有關以「最早之優先權日」作為起算點之期間，除上述「優先權證明文件」及「寄存證明文件」之補正期間外，亦見於「發明專利申請案之公開」。新專利法第37條第1項規定，發明專利申請案如無不合規定程式、亦無不予公開之情事者，應於「申請日後經過18個月」後公開之，但當該申請案有主張二項以上優先權時，該期間之計算改以「最早之優先權日」為準。換言之，如有前述「最早優先權日」變動之情形，發明專利申請案之公開日亦可能隨之變化。
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