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2012年3月29日最高法院針對一件由專利授權契約之被授權人所提出的「確認權利金債權不存在」訴訟，作成101年度台抗字第259號裁定，維持智慧財產法院二審見解，認定縱使授權契約中有國際管轄權之約定，台灣法院於此種案件仍有管轄權。
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本案原告為台灣A公司，其於2007年7月間與日本專利權人B公司簽署專利授權契約，B公司同意免除對A公司之專利侵權責任，並將相關美國、德國及日本專利非專屬授權予A公司，且約定A公司於契約生效後數日內及其後2007至2009年三個年度的12月31日，應分別支付特定數額之權利金。A公司原皆依約給付，但其在2008年4月將相關業務及資產移轉於台灣之C公司，乃於2008年12月31日通知專利權人B公司表明權利義務已移轉他人，故自2009年起即無義務支付權利金。嗣後設籍於盧森堡之D公司，以其已自專利權人B公司受讓該專利授權契約之債權為由，於2010年5月向美國加州北區聯邦法院（US District Court for Northern District of California）起訴請求A公司支付2009年度之權利金共美金540萬元。A公司遂在2010年9月以D公司為被告，向智慧財產法院起訴，請求確認D公司之美金540萬元債權不存在。
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D公司援引A、B公司間之專利授權契約第9.6條規定：「Any United States District Court will have jurisdiction over any claim or controversy arising under or in relation to this Agreement.」，主張雙方已有國際管轄約定，合意以美國地方法院為管轄法院，故智慧財產法院對本案應無管轄權。
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然而，於D公司控告A公司之美國訴訟中，由於A公司抗辯聯邦地方法院無管轄權，D公司乃於2010年9月向美國加州北區聯邦法院撤回訴訟，並於同日向美國加州舊金山郡高級法院（Superior Court of the State of California, County of San Francisco）提起相同訴訟，惟上開州法院於2011年1月以「加州對本件涉及外國公司之案件鮮有利益、本件有許多證人且幾乎均不在加州、台灣是合適的替代法院」（California has little interest in this case which involves foreign companies. The evidence shows there are numerous witnesses and almost all of them are out of State. Taiwan is a suitable alternative forum.）為由，准許A公司之停止訴訟聲請。是以，若智慧財產法院對本案亦無管轄權，本案可能將無法院管轄，而產生所謂的消極管轄衝突。
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對於此問題，智慧財產法院前後有不同的見解。
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第一審：99年度民專訴字第212號裁定（2011年8月24日）
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智慧財產法院之第一審裁定以台灣法院對本案無管轄權而駁回A公司之訴。其裁判之依據，主要係以海牙國際私法會議( Hague Conference on Private International Law）於2005年6月30日議定之海牙選擇法院協議公約（Convention on Choice of Court Agreements）第3條第b項規定，以及歐洲馬普智慧財產法院衝突研究組（European Max-Planck Group for Conflict of Laws in Intellectual Property）在2011年3月25日（註：2011年12月1日版本為最終版）草擬之智慧財產法律衝突原則（Principles on Conflict of Laws in Intellectual Property）第2條：310 (1)之規定，認為除非當事人於國際合意管轄條款內另有明文約定，其合意所定之管轄法院即應視為具有排他之管轄權。由於A、B兩公司授權契約第9.6條規定並未明定美國法院是否屬排他管轄，即應認係排他管轄，故台灣法院對於系爭契約所生爭議自無管轄權。
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此外，智慧財產法院於上述裁定中復指出：台灣並非系爭契約之債務履行地，且原告亦否認為被告之債務人，故不能類推適用台灣民事訴訟法第12條（債務履行地法院有管轄權）或第3條（債務人住所地法院有管轄權）規定，而認為台灣法院對本案有管轄權。
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第二審：100年度民專抗字第10號裁定（2011年12月26日）
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智慧財產法院第二審裁定對管轄問題採取完全相反的立場，認為台灣法院對原告之訴訟應有管轄權。智慧財產法院法院首先表明：國際管轄權合意之效力，因涉及國家司法權之行使及人民訴訟權之保障，且國際間並無統一之條約，亦鮮有雙邊或多邊協議存在，仍須依各國司法實務之發展，準用或類推適用內國民事訴訟法上關於定管轄權之原則，加以判斷。智慧財產法院並進一步闡述下列見解：
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國際管轄合意未必具有排他效力：
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各國民事訴訟法為調和「以原就被」（以被告住所地法院為管轄法院）之基本原則，並考量調查證據、訴訟進行之便利性，均輔以其他規定供原告選擇管轄法院，例如美國法之最小接觸（minimum contacts）原則。故無論內國民事訴訟法或國際間民事訴訟事件，關於管轄之規定，本即係以「併存」為原則。
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國際管轄權之合意固已成為涉外契約之基本條款，但若允許欠缺最基本管轄聯繫因素之國際訴訟事件，亦得經由合意而產生國際管轄權時，亦非合理。故國際管轄權之合意規定，並非當然絕對具有排他效力，亦不當然拘束所合意之法院。
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國際管轄合意為排他或併存，應依具體個案為契約之解釋，探究當事人之真意：
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若契約中與管轄有關之文字已明白表示當事人真意，或解釋當事人之真意後，確有清楚且明確之國際管轄合意約定時，除非契約另有明定，應認為該國際管轄合意具有排他之效力。反之，若契約文字無明確清楚語意約定為國際管轄合意時，因國際民事訴訟事件之管轄本與內國民事訴訟相同，均以併存為原則，故應採「併存」效力。智慧財產法院第一審所援用之海牙選擇法院協議公約及智慧財產法律衝突原則，其精神與此相符。
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本件爭議之國際管轄權應屬於台灣法院：
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系爭專利授權契約第9.6條規定所稱之「United States District Court」應指美國聯邦地方法院，而不包括州法院。蓋美國州法院之第一審未必稱為「District Court」，且通常會加上該州之名稱；而如屬美國聯邦法院系統，則必會加上「United States」。故第9.6條所稱者僅能解釋為美國聯邦地方法院。A、B公司並未合意「美國任一法院」均有管轄權。
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依據美國法，僅有與聯邦法律有關或具有聯邦因素之案件，始得由聯邦司法制度管轄，例如與專利有關之案件（28 U.S.C.§1295 (a)(1)、§1338(a)）。若係一般民事訴訟，必須具備其他聯邦因素，方能向聯邦法院起訴（28 U.S.C.§1331）。
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系爭專利授權契約之國際管轄合意條款，應僅存於專利侵權爭議，而不及於本件因業務及資產轉讓他人所生之契約爭議。蓋單純之契約爭議並無聯邦因素，亦非屬美國聯邦地方法院管轄，故縱使將該國際管轄合意條款範圍擴及本件情況，亦將因無從履行而被認為無效，美國聯邦地方法院仍不受該合意之拘束。
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本件爭議既無排他國際管轄合意之適用，則台灣法院對本件有無國際管轄權，應類推適用台灣民事訴訟法規定加以判斷。依據台灣民事訴訟法第3條規定，債務人住所地法院可為管轄法院；若被告D公司之債權存在，其債務人為原告A公司，因A公司之營業所在台灣境內，故台灣法院自有管轄權。
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如前所述，最高法院已於D公司所提起之抗告程序中，維持智慧財產法院第二審之裁定，認為台灣法院對原告之訴擁有管轄權。
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