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「擇一從重處罰原則」再闡明
財政部於1996年4月26日曾就營業人同時觸犯營業稅法第51條各款及稅捐稽徵法第44條規定者，說明應擇一從重處罰，惟在稅捐機關實務操作上，卻衍生疑義。舉例而言，漏開發票的營業人，按營業稅法第51條係以「漏稅額」處1倍至10倍罰鍰; 而稅捐稽徵法第44條，則係以查明認定營業額處5%的罰鍰，何者為重，產生疑義。
財政部爰於2008年6月30日發佈台財稅字第09704530660號函釋，進一步闡明「擇一從重處罰原則」，應依行政罰法第24條第1項規定，就具體個案，按營業稅法第51條所定就漏稅額處最高10倍之罰鍰金額與按稅捐稽徵法第44條所定經查明認定營業額處5%之罰鍰金額比較，擇定從重處罰之法據，再依該法據及相關規定予以處罰。
舉例來說，某營業人銷售貨物未依規定開立統一發票，經人檢舉而遭稅捐機關查獲，其漏報銷售額總計新台幣（下同）1,000萬元，逃漏營業稅50萬元。則稅捐機關在計算其漏稅罰鍰時，應先就該營業人所漏營業稅額50萬元按營業稅法第51條規定最高十倍的罰鍰，算出漏稅罰鍰為500萬元。再依稅捐稽徵法第44條規定，按查明認定漏報銷售總額1000萬元加處5%的罰鍰，計50萬元。兩者相比，以依營業稅法第51條處罰較重，故該營業人漏開統一發票應按營業稅法第51條處罰。
在決定按營業稅法處罰後，稅捐機關需再參照稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表，有關營業稅法第51條違章情形及裁罰倍數，計算實際應加處的罰鍰金額。假設依據裁罰標準參考表規定，漏開發票應裁處三倍罰鍰時，則該營業人未依規定開立發票實際所應裁處的罰鍰就是150萬元。