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兼營營業人得採用直接扣抵法報稅
營業人如於其本業收入外尚有營業稅法第8條第1項所定免徵營業稅之收入，例如以公司資金投資而取得之股利收入，此時該營業人因兼營免稅貨物或勞務而為兼營營業人，其營業稅進項稅額中將有部份不得用以扣抵銷項稅額，故兼營營業人於申報營業稅時應依「兼營營業人營業稅計算辦法」規定按免稅銷售淨額占全部銷售淨額之比例，計算不得扣抵比例。
而營業人如帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額，將可避免因較高之不得扣抵比例降低實際可扣抵金額，產生多繳稅的現象。惟直接扣抵法於適用前須向稽徵機關提出申請，且經獲准後3年不得變更。此等限制造成營業人若採用了對本身不利的計算方式，將無法立即改採直接扣抵法，導致自身權益受損。
財政部於95年12月21日公布修正「兼營營業人營業稅額計算辦法」，修正之條文包括該辦法第8條之1、同條之2及同條之3，明定帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途之兼營營業人，勿需申請即得採用直接扣抵法，避免因稅務機關之核定時程延宕而溢付營業稅額。惟凡一經採用「直接扣抵法」申報進項稅額，於3年內仍均不得再申請改變。
該辦法修正後將使兼營營業人有權即時以「申報生效制」選擇有利於己之營業稅課徵方式，避免其免稅項目收入增加侵蝕其應稅進項稅額之可扣抵稅額，減少每二個月應付之營業稅額，增加資金調度之空間，亦降低兼營營業人繳納之營業稅款積壓於國庫之資金成本。