企業併購法修正案於九十三年四月十六日三讀通過，並於五月五日經總統公布生效，其主要修訂內容如下：
於公司分割，係一方讓與獨立營運之一部或全部營業，他方以發行新股作為對價之行為，其中並無換股比例存在，故為使條文規範更為明確，爰增訂第六條第二項，明訂分割案件應委請獨立專家表示意見之內容，為分割後受讓營業或財產之公司發行新股之價格及所受讓營業或財產價值之合理性。至於所謂獨立專家，依照經濟部九十三年五月二十五日令，係指會計師、律師或證券承銷商。修訂第八條第一項第二款，明訂當公司發行新股全數用於收購他公司之營業或財產時，可排除公司法第二百六十七條關於員工及原有股東優先認購權之規定，以及證券交易法第二十八條之一關於提撥一定比率公開發行之限制，以利併購程序之進行。公司向異議股東買回之股份，修訂後第十三條允許公司可依其進行併購之實際需求，選擇下列三種方式之一：(一)依併購契約規定轉讓予標的公司之股東，充為對價之一部；(二)直接予以註銷而逕行辦理變更登記；(三)於三年內按市價再行出售。企業併購法原僅適用於股份有限公司，然為便利企業進行組織再造，於第十九條簡易合併之規定，特別放寬將公司持有百分之九十資本總額之有限公司型態子公司納入適用範圍。修訂第三十三條第一項第四款，明訂公司分割時，受讓營業或財產公司所發行之新股，視個別併購案設計之不同，可能全部發給被分割公司（垂直分割），或全部發給被分割公司股東（水平分割），也可能一部份發給被分割公司、一部份發給被分割公司股東（即部分減資之情形），藉以提高公司進行分割之彈性，允許公司自行決定分割後之持股比例及減資比例。基於公司選擇合併申報所得稅前後年度之一致性，經參考美國及日本之規定，增訂第四十條第二項，明訂選擇合併申報營利事業所得稅者，其合於規定之各本國子公司，應全部納入合併申報。選擇合併申報並無須事先申請核准，但一經選擇合併申報後，除因正當理由，於會計年度終了前二個月內，報經賦稅主管機關核准者外，不得變更。為避免公司任意變更所得稅申報方式，增訂第四十條第三項，明訂經核准變更採分別申報者，自變更之年度起連續五年，不得再選擇合併申報。且子公司因股權變動不符規定而個別辦理申報者，自個別申報之年度起連續五年，不得再納入合併申報。惟依立法院附帶決議，於修正通過後二年內，經濟部應會同財政部，針對第四十條有關變更所得稅申報方式之五年期限限制，進行檢討。
