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企業併購土增稅可以連續記存
企業併購法第三十四條規定，公司進行合併、分割，或是以股份作為對價達百分之六十五的收購者，對於併購而移轉的土地，可以先計算被併購公司持有土地期間的增值稅，予以記存而無須立即繳納，等到併購公司將該土地再移轉他人時，才就併購後持有土地期間之增值稅，連同前次掛帳之增值稅一併繳納。
如果公司併購取得的土地又因為併購的原因而再次移轉，第二次進行併購所發生的土地增值稅依法可以記存固無疑問，但是第一次併購時原來記存的增值稅，可否繼續記存，或是須於第二次併購而移轉時繳清稅款，即有疑義。
依法條之文字，記存之增值稅於再移轉時即應完納，只要有所有權移轉之事實，即滿足課稅之要件，不分再移轉之原因。不過，併購可以記存增值稅的法理，在於併購並非實質處分財產之行為，土地移轉只是形式之所有權變更，土地的利益及風險，仍然透過持股關係或是權利義務概括承受而無改變，故准予記存，以免因課稅問題而阻礙併購之意願。
依此而論，第一次及第二次併購均為形式移轉財產之行為，故二次增值稅均應准予記存，方符合該規定之意旨。所以財政部於九十二年十二月二十九日以台財稅字第○九二○四五七七六三號函，解釋合併後公司再合併或分割，原記存之土地增值稅准予移轉一併記存於取得土地之公司。
該解釋合併及分割之併購類型，並無包括第二次移轉原因為收購之情形，可否比照辦理尚有疑問。故財政部另以九十三年三月八日台財稅字第○九三○四五○一二三號函釋，表明公司因合併而移轉之土地，因合併後存續或新設公司被收購而再行移轉，得一併記存土地增值稅。
但是，因為收購公司對收購前之被收購公司權利義務並未概括承受，則一方面准予繼續記存於第二次之收購公司，但另方面收購公司如依法並無繳納該項記存稅款之義務，將使稅款落空，故解釋函特別要求收購契約中須載明收購公司承受該土地原准記存土地增值稅之納稅義務，並向稽徵機關提出承諾書，承諾繳納該移轉土地歷次合併、分割累積記存之土地增值稅，才准予繼續記存，以避免事後爭議。
從法律關係的連繫而言，收購契約中載明收購公司承受該土地原記存土地增值稅之納稅義務，係將前一次記存增值稅之繳納債務，依私法契約移轉給本次併購之收購公司，只發生本次被收購公司及收購公司間之私權變動，收購公司如不履行併購契約之約定，被收購公司只能依契約之請求權基礎，請求收購公司相當於稅款之給付，納稅義務並不因私權契約而移轉。
此外併購契約尚不足以保全租稅債權之行使，因為土地增值稅之發生係依附於土地，欲實現土地增值稅之租稅債權，該稅款所由生之土地乃最易掌握之擔保，稅款與課稅標的物若能如影隨形，才能得到最佳之財政收入保障。一旦土地已移轉於受讓人，但繳納稅款之義務仍留在出讓人處，稽徵機關即可能處於無擔保之狀態，若未能獲得補救之道，縱使繼續記存有法理之基礎，政策上想必亦難以接受。
所以，財政部恐需建立另一法律連繫，使稽徵機關將來有權向第二次併購之收購公司徵收稅款，才能作成准予繼續記存之決定。是以解釋函中要求收購而承受土地之公司，應於申報土地移轉現值時，出具願意繳納繼續記存稅款之承諾書。該承諾書之性質，相當於行政契約，有公法上之效力，讓稽徵機關有權要求收購公司負繳納之義務，收購公司則依契約規定而成為代繳義務人。
換言之，財政部之解釋要存在於藉公法契約關係承受義務，以解決法律未予規定之問題。在繼續記存之形式要件上，雖然增加法律所無之限制，但是為租稅保全之目的，以及納稅義務人權利義務之平衡性，該限制並未超越法律之精神，應無違法問題。不過依承諾書繼受而來之納稅債務，與依法律概括承受之義務程度有別，是否仍使繼續記存之增值稅將來可優先於一切債權及抵押權受償，可能存有爭議。
此外，上開二解釋均屬第一次併購為合併之情形，倘第一次併購係分割或收購，是否影響第二次併購之土增稅再記存，從前述記存之法理，應可推求出端倪。