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公司支出專利申請費及年費與職務上發明無關
專利權歸屬的紛爭常發生於公司與公司研發人員間，此時涉及申請專利之發明是否屬職務上發明，以及雙方間就權利歸屬之狀態有無特別約定（例如一方是否借用他方名義申請專利）之認定。
專利法第7條第1、2項明定，「職務上之發明」係指受雇人於僱傭關係中之工作所完成之發明，其專利申請權及專利權屬於雇用人，雇用人應支付受雇人適當之報酬。但契約另有約定者，從其約定。因此，於公司與員工間發生專利歸屬爭議時，首需認定的即是所涉發明是否屬「職務上之發明」，一旦公司得佐證該發明確屬職務上之發明，專利申請權及專利權原則上即屬公司所有。
惟公司支付專利申請費用及專利年費之事實，是否可直接作為職務上發明之證據，實務上已有反對之見解。智慧財產法院於110年2月26日109年度民專訴字第107號判決中，清楚敘明公司支付申請專利的模具費及專利年費，以及專利為員工任職期間所申請並取得等事實，與該專利是否為員工職務上之發明並無必然關聯，公司應提出系爭專利研發等資料。此外，該判決亦闡述，如公司與員工間有借名登記協議，應提出雙方就專利借名登記於員工名下具有意思表示一致之證據，始得為相關主張。
是以，公司管理應重視保存員工實際於公司所參與之工作、以及員工使用公司資源環境進行研發之相關事證；如與員工間具有特別約定，亦應以書面訂立，俾利於專利歸屬爭議時提出有利事證。