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專利行政訴訟案件法院應職權調查功效增進等有利當事人之事實
關於專利有效性的行政程序與行政訴訟案件，如專利舉發程序及其後續的行政救濟案件，實務上常認為此類案件事關公益，行政機關與法院認為有必要時可職權調查事實與證據，不受當事人主張之拘束。行政訴訟法第133條亦規定：「行政法院於撤銷訴訟，應依職權調查證據；於其他訴訟，為維護公益者，亦同。」而在實際專利舉發案件中，專利權人一方較常感受到的是智慧局與法院為維護公眾利益，有時會針對舉發人所未主張之部分證據的揭露，職權調查其是否含有不利於專利有效性之內容；也就是，舉發人僅引用了一先前技術文件的某幾個段落，但智慧局或法院在做決定時卻採用了該先前技術的其他段落的內容作為論理基礎的一部分；但，這種職權調查乃是朝向不利於專利權人之方向。今年（民國109年）6月29日，最高行政法院針對專利申請號097117941的釘書機專利的舉發成立案件，作成109年判字第351號判決，其特別強調：「行政法院對有利於當事人之事實，如果有應調查而未予調查之情形，或認定事實徒憑臆測而不憑證據者，即構成判決不備理由之違法。」
於109年判字第351號判決中，最高行政法院此部分的論理大致如下：
1. 原判決承認系爭專利更正後申請專利範圍中「該傳動件係透過該軸件的穿設而結合於該壓柄」的特徵並未被證據2的先前技術揭露，但因為證據2記載軸件可以設置於不同位置，所以原判決認為證據2已經提供可將樞軸由安裝於匣套改變成安裝於把手（壓柄）的教示，使本領域具有通常知識者能透過簡單改變而完成系爭專利技術（不具進步性）。
2. 然而，原判決僅採用證據2這句話作為「教示」即認定系爭專利技術不具進步性之論理尚非充分。因為，證據2揭露在傳動件與把手間有其他結構，而系爭專利之傳動件與壓柄間並無該種結構；本領域之技術人士是否僅憑一句話的教示就能輕易地克服證據2與系爭專利揭露之結構不同的障礙，輕易地將傳動件樞接設置於壓柄（把手）上，仍有疑問。（最高行政法院判決原文為：「…而系爭專利之傳動件及壓柄間並無上述結構，則系爭專利之發明所屬技術領域者，依上開證據2之教示是否有動機將其驅動件透過樞接軸與把手結合，抑或利用申請時之通常知識，而將證據2之差異技術特徵簡單地進行修飾、置換、省略或轉用等而完成申請專利之發明，尚非無疑。」）
3. 系爭專利說明書有提到直接將傳動件裝配結合於壓柄組件的技術功效。證據2僅揭露驅動件（傳動件）藉由樞軸而裝設於匣套，並非裝設於壓柄，則系爭專利相較於證據2是否具有上述功效之增進而具有進步性，此一可能有利於專利權人之事實，原審應適用行政訴訟法第125條之規定，職權進行調查。（註：行政訴訟法第125條第1項規定：「行政法院應依職權調查事實關係，不受當事人主張之拘束。」）
4. 針對前述應依職權調查事項，原審未予調查，原判決因此違法。
綜觀此一判決內容，大致可以得到以下兩個最高行政法院注重的點：
1. 先前技術文件中雖然有「教示」某種改變，但仍須評估該領域技術人士根據該教示與先前技術文件的其他揭露，是否能輕易地改變先前技術而完成一專利所記載之不同技術。
2. 專利說明書中所特別提到的技術功效，若與該專利技術與先前技術之不同點有關，則屬於法院應依職權調查事項，毋待當事人之主張。
此一最高行政法院判決之要點之一，在於要求行政法院於專利說明書有提到技術功效時，應職權調查專利是否相較於先前技術具有功效增進，俾使專利有效性之調查審理更加全面、無遺漏，對於降低進步性判斷時的主觀程度、後見之明，應有所助益。