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智慧財產法院應指定智慧財產局輔助何造當事人
2008年7月1日生效的智慧財產案件審理法，其中第17條規定，若當事人（通常為被告）於侵權訴訟中抗辯專利權無效時，法院於必要時得命智慧財產局參加訴訟，俾就專利有效性之爭點表示意見，且此「參加」性質為「輔助參加」，亦即需適用民事訴訟法第61條規定之「參加人得按參加時之訴訟程度，輔助當事人為一切訴訟行為。但其行為與該當事人之行為抵觸者，不生效力」。換言之，智慧財產局參加訴訟時，不僅應對專利有效性之爭點表示意見，亦僅能輔助原告或被告中之其中一造。
然而，由於當事人可能同時亦向智慧財產局提出舉發程序，而其程序尚未完結，智慧財產局實難在參加訴訟時對專利有效性具體表示意見，亦難以決定其應「輔助」原告、被告中之何造。縱使並無舉發案繫屬於智慧財產局，因其究非發生爭議的當事人，要求智慧財產局之審查官事先仔細閱卷通盤瞭解當事人間之爭議，俾於訴訟上妥適表示意見，現實上亦難以期待。鑑於智慧財產局參加訴訟之結果並未對侵權訴訟之審理提供實質助益，故智慧財產法院在成立後，似較少在訴訟中積極運用此制度。
有鑑於此，最高法院於2009至2011年間曾多次於判決中闡述「智慧財產局參加訴訟」之重要性，包括98年度台上字第2373號判決、99年度台上字第112號判決、100年度台上字第480號判決、100年度台上字第1013號判決及100年度台上字第986號判決等，強調當智慧財產局已審定舉發不成立時，倘若法院欲推翻其判斷，即應斟酌情形命智慧財產局參加訴訟。其中100年度台上字第986號判決更進一步指出，若尚有舉發案繫屬於智慧財產局，智慧財產法院應考慮有無待舉發案確定後，再實質探知智慧財產局專業意見之必要。
因最高法院已在判決中反覆闡述前述原則，智慧財產法院嗣多命智慧財產局參加訴訟，以免造成程序上的瑕疵。然前述智慧財產局難以表示意見之原因仍然存在，故縱使法院踐行命智慧財產局參加訴訟之程序，往往亦淪為形式，而難見成效。特言之，智慧財產案件審理法所要求「智慧財產局應輔助一造當事人」之規定，更是流於具文。對此，最高法院於2013年9月25日之102年度台上字第1800號判決中，極為具體地指示智慧財產法院應如何改進。
依據上開最高法院判決意旨，智慧財產法院在裁定命智慧財產局參加訴訟時，應表明智慧財產局所輔助當事人為何造，俾其有所遵循，而得提出攻擊防禦方法。最高法院並在判決中指摘：智慧財產法院未於裁定中表明智慧財產局應輔助之對象，亦未使其於開庭時為任何聲明或表明輔助何造參加訴訟，卻在判決中逕列智慧財產局為被告之參加人，顯與智慧財產案件審理法之立法目的相違。
最高法院上開見解，是否會對智慧財產法院及智慧財產局日後處理「參加訴訟」之程序造成困擾，頗值關注。蓋智慧財產法院在何種情況下應命智慧財產局輔助原告以維護專利權有效性、何種情形又應輔助被告支持專利無效之立場，顯有疑問；尤其是當智慧財產局所審理的舉發程序尚未終結時，更形困難。