Newsletter
申請五年免稅案例之最新判決簡介
符合促進產業升級條例所規定之新興重要策略性產業之公司，就其增資擴展計畫，如依該條例第9條第1項規定選定適用免徵營利事業所得稅者，其申請流程必須：（一）於增資擴展計畫開始前，向經濟部工業局申請核發「符合新興重要策略性產業」核准函；（二）於增資擴展投資計畫完成後，向中央目的事業主管機關申請核發完成證明；及（三）向財政部申請核發「5年免徵營利事業所得稅」核准函。
經濟部針對上開免稅之適用範圍以及獎勵範圍，於2001年2月訂定公告「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」惟稽徵機關於適用該辦法時，並不准許符合免稅規定之高階積體電路設計業者，就其自行銷售經依核准之投資計畫完成設計產製之產品所得納入免稅範圍，致生徵納雙方許多爭議，因此經濟部嗣於2001年12月公告修正該辦法增訂第5條第3項，明訂前揭所得應予納入免稅範圍。
本所客戶（下稱「甲公司」）針對其2001年度之增資擴展計畫，於2001、2002及91年9月分別取得工業局核准函、新竹科學園區管理局完成證明及財政部免稅核准函。由於財政部免稅核准函記載依據之法規為2001年2月版辦法，北區國稅局嗣後於審查甲公司2002年度及2003年度結算申報時，以此為由而不予適用2001年12月版辦法，並否准甲公司依2001年12月版辦法計算免稅範圍。甲公司不服，遂委任本所提起行政救濟。
本案頃經台北高等行政法院於2009作成判決，撤銷北區國稅局原核定處分以及財政部訴願決定，亦即為甲公司勝訴之判決。其判決理由要旨為5年免稅優惠之申請案，需歷經工業局、科管局以及財政部等三個主管機關所轄之不同流程，在最終經財政部核發5年免稅核准函以前，該申請案屬於「處理程序終結前」，此時如遇有據以核准之法規有變更時，即有中央法規標準法第18條所規定「從新從優」原則之適用，當時受理5年免稅申請案而尚未作成核駁決定之該管主管機關，應本於獨立權責為正確適用。本案既經財政部於2002年9月始核發核准函，自應適用當時有效之法規，即2001年12月版辦法。