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金融機構合併將得以其他機構股份、現金或其他財產作為對價
依金融機構合併法之規定，金融機構合併時，存續機構或新設機構僅得以存續機構或新設機構發行新股之股份，作為換發消滅機構股東所持股份之對價。
鑒於合併時消滅機構股東權益之保障，應係確保其於合併後，仍得取得與其所持消滅機構股份相等價值之對價，故其他機構股份、現金或其他財產，均宜允許作為支付消滅機構股東之對價。再者，消滅機構股東不同意存續公司或新設公司所支付之對價，尚可藉由異議股東收買股份請求權之規定保障其投資權益，對消滅公司股東權益應不致造成影響，故行政院已於2005年10月向立法院提出金融機構合併法之修正草案。未來金融機構合併時，存續機構或新設機構將得以其他機構股份、現金或其他財產，作為支付消滅機構股東之對價。
此外，金融監督管理委員會亦於2005年10月發布新聞稿指出，目前金融控股公司依金融控股公司法辦理股份轉換，僅得以股份作為對價，而不得以現金作為對價，此並不具備合理性，反而造成併購障礙，對國內股東保障亦有不足。為維護股東權益，增加併購機制彈性，金管會決議，對於金融控股公司依金融控股公司法辦理股份轉換，應可以採取部分股份、部分現金的方式為之。
金管會並於2005年12月正式發布函令，規定(i)金融控股公司依金融控股公司法辦理股份轉換，得以現金作為對價；(ii)金融機構依金融機構合併法合併時，存續機構或新設機構得以股份、現金或其他財產，作為換發消滅機構股東所持股份之對價；(iii)依前二項辦理時，應委請獨立專家就換股比例或配發股東之現金或其他財產之合理性表示意見，並分別提報董事會及股東會。因此，未來金融機構進行合併或股份轉換時，將得依相關情形選擇給付合適之對價。