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不遵命令或妨礙檢查之裁罰機關為法院
依公司法規定，繼續1年以上，持有已發行股份總數3%以上之股東，得聲請法院選派檢查人，檢查公司業務帳目及財產情形。法院對於檢查人之報告認為必要時，得命監察人召集股東會。對於檢查人之檢查有妨礙、拒絕或規避行為者，或監察人不遵法院命令召集股東會者，處新臺幣2萬元以上10萬元以下罰鍰。
此項規定旨在賦予股份有限公司少數股東有檢查公司業務帳目及財產情形之權利，俾使公司維持正常經營。但為防止股東濫用職權，須具有一定行使要件，即由繼續1年以上，持有已發行股份總數3%以上之股東向法院聲請，由法院選派之檢查人行使，而非由股東行使，以求立場之客觀與公正。檢查人既係由法院選派，則其行使檢查權當由法院管轄，故檢查人之選任與解任，係由受理聲請之法院以裁定為之，檢查人於完成檢查後，應向法院提出檢查報告。然因公司法修正時，為配合刑事罰則除罪化將刑事「罰金」修訂為行政「罰鍰」，致使實務上迭有股東要求行政機關進行裁罰，致生困擾。
為此，經濟部於93年11月16日作成函釋，基於檢查人之選派、執行檢查、解任等過程，均由法院管轄下進行，行政機關並未有介入情形，故雖然公司法修正時將「罰金」修訂為「罰鍰」，但若公司對於檢查人之檢查有妨礙者，仍應由法院依檢查人之報告判斷後，依公司法規定對公司處以罰鍰。若公司對法院之裁定不服，則可依法提出抗告。
此外，經濟部於93年10月26日之函釋，參照民法關於清算之相關規定，針對有限公司之清算，清算人違反公司法之規定，未於就任後15日內聲報者，亦明揭係屬法院監督職權，其裁罰機關為法院。