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商標註冊行政爭訟階段，應依新修正商標法審理？
在現行商標法於民國九十二年十一月二十八日施行前所提出之商標註冊申請案，如經經濟部智慧財產局核駁，仍在訴願或行政訴訟等行政爭訟進行中，應依現行商標法或依修正前商標法規定處理，現行商標法並未明文規範，造成實務見解相當歧異，即使最高行政法院亦未統一見解。
臺北高等行政法院九十一年度訴字第三七四二號判決援引最高行政法院五十七年度判字第九五號判例要旨及行政法相關法理，認為行政訴訟法新增之課與義務訴訟與一般給付訴訟的審理，應以事實審行政法院言詞辯論終結時之法律及事實狀態作為基準。臺北高等行政法院界定商標註冊申請事件為課與義務訴訟，並進而表示商標註冊申請事件於臺北高等行政法院言詞辯論終結時，案件應適用之商標法既有變更，即應適用修正後之商標法新規定。
依據臺北高等行政法院判決推論，由於最高行政法院為法律審，並非事實審，如商標註冊或其他類型之課與義務訴訟案件繫屬最高行政法院，案件所適用之商標法始變更時，是否仍應適用新修正商標法，恐有爭議。
然而，最高行政法院九十三年度判字第四三二號判決援引最高行政法院四十九年度判字第一二七號及六十年度判字第三七四號判例意旨，認為商標註冊事件為撤銷訴訟（並非界定為課與義務訴訟），行政法院之任務既在於審查行政處分是否以其發布之法律狀態為據，並進而判斷有無違法與損害人民權益，在行政處分發布後法律狀態變更，既非原處分機關作成處分時所能斟酌，自不能以其後出現法律狀態而認定原處分違法。故撤銷訴訟判斷行政處分是否合法之基準時，為原處分發布時。
另商標異議或評定或廢止事件，本質上究竟應界定為課與義務訴訟，或者應歸類為撤銷訴訟，對於行政處分作成後法律或事實狀態有所變更時，應如何處理，亦為實務上另一相當具爭議性之問題。