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專利舉發或商標評定進行中，得不停止訴訟
商標之註冊違反舊商標法第三十七條之規定者，利害關係人得申請商標主管機關評定其註冊為無效，在評定程序進行中，凡有提出關於商標專用權之民事或刑事訴訟者，應於評定商標專用權之評決確定前，停止其訴訟程序之進行，舊商標法第五十二條第一項及第六十條定有明文。如果法院未停止訴訟而逕行審判的效力為何，商標法雖未明文規定，但最高法院九十一年度台非字第二七二號刑事判決認為商標法第六十條既有應停止訴訟程序之規定，法院自無裁量之餘地。因此，若未停止審判而遽行判決，即有刑事訴訟法第三百七十九條第九款所定之當然違背法令情事。
不過，民國九十二年十一月二十八日施行之新修正商標法第四十九條及第五十六條的修法理由則揭示，民事或刑事訴訟以商標註冊是否有效為判斷之依據者，若該商標正於異議或評定審理中，於異議或評定確定前，是否停止其訴訟程序之進行，宜由司法機關依職權決定，而將原先異議或評定確定前，應停止訴訟程序之規定，改為得停止訴訟程序。
在專利法方面，亦有類似訴訟停止規定。專利法第九十四條規定，關於發明專利權之民事或刑事訴訟，在申請案、異議案、舉發案、撤銷案確定前，得停止偵查或審判。此規定並準用於新型及新式樣。最高法院九十一年度台抗字第二七六號民事裁定，認為專利法既稱得停止審判，其應否停止訴訟程序，即依法院裁量決定，並非必然須停止。最高法院九十二年度台抗字第五八五號民事裁定則進一步明確表示，為避免當事人利用專利法第九十四條規定，對於繫屬中之案件，無限制停止偵查或審判，致案件不當延滯，影響他人正當權益，法院經斟酌情形，如認為不以停止訴訟程序為適當，自得裁定駁回停止訴訟之聲請。
然而，行政訴訟法第十二條明文，以行政處分是否無效或違法為據者，應依行政爭訟程序確定之；行政爭訟程式已經開始者，於其程序確定前，民事或刑事法院應停止其審判程序。最高法院九十年台上字第五二三號民事判決並揭示，民事訴訟之裁判，凡以行政處分是否無效或違法為據者，應由認定先決事實之行政法院為裁判後，以該確定裁判所認定之事實作為民事法院裁判時認定事實之依據，俾防止不同法院裁判結果互相牴觸之情形。
由最高法院民事庭的此項判決推論，如果在商標或專利侵權的民事或刑事訴訟案件中，對於商標或專利的有效性有所爭執時，因為民事法院或刑事法院並無權審查認定，似應停止民事及刑事訴訟。
因此，目前實務最具爭議性的問題，在於既然行政訴訟法第十二條有關訴訟停止的規定與現行商標法或專利法規範迴然不同，則法官應優先適用行政訴訟法或商標法及專利法，以決定商標或專利侵權訴訟案件應否停止訴訟，仍有待具體案件的釐清。