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公司分割應申請契稅免稅證明書
按契稅條例第二條及第八條分別規定「不動產之買賣、承典、交換、贈與、分割或因占有而取得所有權者，均應申報繳納契稅。」及「分割契稅，應由分割人估價立契，申報繳納。」同條例第十五條則規定依條例第十四條規定免稅者，應填具免稅申請書，並檢附契約及有關證件，向主管稽徵機關聲請發給契稅免稅證明書，以憑辦理權利變更登記。
財政部於九十一年五月二十四日發布台財稅字第0910453033號函規定公司依企業併購法規定進行分割取得不動產所有權者，依同法第三十四條第一項第二款規定，免徵契稅，惟應向主管稽徵機關申請核發契稅免稅證明書，以憑辦理權利變更登記。至依同法所為合併取得不動產所有權者，因非屬申報繳納契稅範圍，免申請核發契稅免稅證明書。