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專利舉發行政訴訟中法院不應接受參加人地位之舉發人提出新前案證據
依據智慧財產案件審理法第33條第1項之規定，於舉發撤銷專利權之行政訴訟中，若舉發人原先於舉發程序中已經主張欲舉發之專利不具新穎性或進步性，則在後續之一審行政訴訟程序中，於言詞辯論終結前，可基於其原已提出之專利不具新穎性或進步性之主張，提出新的前案證據證明其主張為真，智慧財產法院仍應審酌之。然而，此一規定是否於所有專利舉發行政訴訟中均可適用？實則爭議甚久。近期最高行政法院判決107年判字391號認為：為衡平舉發人與專利權人之程序及實質權益，前述審理法第33條第1項規定應限縮解釋，僅於專利舉發行政訴訟由舉發人為原告之情形，始得提出新前案證據以強化其關於專利不具新穎性與進步性之主張。最高行政法院判決107年判字391號所持理由大致如下：
1. 於行政訴訟中舉發人為原告之情形，此即表示舉發人於舉發（或訴願程序）中收到「舉發不成立」處分，因不服才會提起行政訴訟；此時，因專利權仍然存在，專利權人（即行政訴訟之參加人）依法仍可對專利進行更正。故縱然舉發人提出新證據或用新證據與原舉發證據構成新證據組合，於行政訴訟程序中倘經法院適當曉諭爭點，並經當事人充分辯論，專利權人於自行判斷後，於言詞辯論終結前仍可向智慧局提出更正之申請。惟如專利權人經各造就新證據作訴訟上之攻擊防禦後，仍不向智慧局提出更正專利之申請（且未陳報法院有更正之申請）時，縱若法院最後依新證據或新證據組合判斷，作成全案撤銷舉發不成立之原處分及訴願決定，命智慧局為舉發成立、撤銷專利權之處分。此一作法符合前述審理法33條第1項為避免專利權之有效性爭執拖延未決之立法精神，對於各造而言並無突襲，且已經放寬專利權人申請更正之時點至行政訴訟言詞辯論終結前。（最高行政法院104年度4月份第1次庭長法官聯席會議(二)採同樣見解。）
2. 於行政訴訟中專利權人為原告之情形，此通常表示專利權人於舉發程序中收到「舉發成立，專利權撤銷」處分而訴願決定維持原處分，因不服才會提起行政訴訟。此時，專利權既已被智慧局撤銷，在行政訴訟未勝訴翻案前，智慧局之撤銷專利處分仍具有實質存續力，縱專利權人見新證據後有更正之意，智慧局亦無從受理專利權人之更正申請。此時，若仍允許舉發人（訴訟中之參加人）提出新前案證據強化關於專利不具新穎性與進步性之主張，專利權人於訴訟程序中無法對等地因應舉發人所提出之新證據而決定是否申請更正，在攻防地位上即非平等。
基於以上理由，最高行政法院認為於該案中，一審法院仍將新證據納入審理範圍，並非適法。由此可見，最高行政法院對於專利舉發行政訴訟程序中是否得納入新證據之態度趨於嚴格。於原告為專利權人之情形，過去或有認為可由一審法院接受參加人（舉發人）提之新證據並於判斷後，發回智慧局命其依據法院見解重為審定，此時，專利權人仍可在重開之舉發程序中向智慧局申請更正專利；但根據此一最高行政法院見解，於專利權人為原告之情形，一審法院完全不應該接受參加人所提之新證據。