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專利舉發人於行政訴訟中可否認同智慧局舉發不成立處分，但要求法院審酌全新之前案證據組合或主張？
公眾對於經濟部智慧財產局已經核准之專利，如果發現有應不准予專利之事實，可以書面敘明理由連同證據一併送交智慧局，要求智慧局撤銷其「授予專利權之行政處分」，此即所謂之「專利舉發」。而兩造對於智慧局所為之「舉發成立」或「舉發不成立」處分如果不服，可以向經濟部訴願審議委員會(Ministry of Economic Affairs)提起訴願，於遭訴願駁回時，可向智慧財產法院行政庭提起行政訴訟表示不服行政處分。基於三權分立及行政法之一般性原則，智慧財產法院屬於司法機關，於專利舉發行政訴訟中所扮演之角色是「事後審查」，亦即審查行政機關（即智慧局或訴願審議委員會）所作出之行政處分是否違法；如有違法則原則上應撤銷原處分且視情況可命行政機關依據法院要求或意見重新作出行政處分。因此，法院於舉發行政訴訟中之審查標的應是智慧局作成之舉發成立與否之「行政處分」。在過去，行政法院依據此一原則，於舉發行政訴訟中所審查之範圍僅限於標的的行政處分內容所涉及之專利有效性爭點（例如：申請專利範圍是否受到說明書支持、是否不具進步性等）以及智慧局已經審查過之證據（例如：用以證明專利不具進步性之先前技術），除了用以補充原舉發證據之證據可以被納入審查外，行政法院不接受「新證據」。
然而，於2008年7月「智慧財產案件審理法」施行之後，智慧財產案件審理法第
33條第1項規定：「關於撤銷、廢止商標註冊或撤銷專利權之行政訴訟中，當事人於言詞辯論終結前，就同一撤銷或廢止理由提出之新證據，智慧財產法院仍應審酌之。」其立法理由原本是希望透過允許舉發人於行政訴訟中補提關於同一撤銷理由之新證據，以減少就同一專利權有效性之爭執所發生之循環性行政爭訟，而有拖延未決之情形。但在此之後，行政法院（庭）於專利舉發中所扮演之角色已經逐漸從「事後審查者」轉變成不但執行事後審查，也「積極地參與第一次審查」。
依據智慧財產案件審理法第33條第1項形成之最極端情況為法院完全僅進行「第一次審查」，而非「事後審查」。例如：一專利舉發人於舉發階段提出一套證據主張某專利應予撤銷，卻收到智慧局的「舉發不成立」處分；在行政訴訟中，專利舉發人表示其完全認同智慧局之審定結論及意見，但提出另一套完全不同於舉發階段之新證據或新證據組合，主張在與舉發所提出之「同一撤銷或廢止理由」之爭點下（例如：申請專利範圍不受到說明書支持、不具進步性），依照智慧財產案件審理法第33條第1項，法院必須就全新證據進行第一次審查並作出判決。實務上已經出現不少案例，例如：智慧財產法院104年度行專訴字第90號判決中指出：「原告於提起本件行政訴訟時即提出證據6、證據7，並以之與舉發程序已提出之證據1至5分別組合主張可證明系爭專利請求項1至31均不具進步性，核係就同一撤銷理由（即系爭專利是否不具進步性）所提之新證據，依上開規定，本院自應併予審究。此外，本件經本院受命法官於準備程序依行政訴訟法第132條準用民事訴訟法第270條之1第1項第3款規定與兩造及參加人整理及協議簡化爭點，原告同意就舉發程序已提出並經原處分認舉發不成立，並經訴願決定駁回之證據組合不再爭執，以簡化本件爭點。」換言之，法院在進行爭點整理後，完全排除舉發階段智慧局所為之行政處分中之爭點及證據，僅就行政訴訟中原告（舉發人）所提出之新證據或其組合進行調查與判斷。實際上，亦有為原告之專利舉發人不待法院進行簡化爭點，即主動表示放棄舉發與訴願階段之所有爭執內容，請法院僅就其行政訴訟中所主張者予以調查判斷者；其主張包括基於「違反專利法第26條專利明確性」之同一撤銷理由，卻提出完全不同於舉發階段所提之某一請求項中之技術名詞A未受說明書支持之主張，而改稱該請求項中之另一技術名詞B未受說明書支持，並提出完全不同之技術上理由。而法院依據智慧財產案件審理法第33條第1項之規定，亦接受其所請。
從以上的案例可知，專利舉發案件在行政訴訟中演變出之一大特殊之處在於：身為舉發人的原告可以請法院不要理會智慧局的原行政處分，而就新證據進行第一次判斷。又，依據現行專利法第81條，依智慧財產案件審理法第33條規定向智慧財產法院提出之新證據，經審理認無理由者，任何人對同一專利權，不得就同一事實以同一證據再為舉發。因此，在行政訴訟中提出新證據的原告（舉發人）不得在行政訴訟判決終局確定後，因不服法院對其所提新證據之決定，以智慧局並未於舉發階段就該證據與理由進行審查為由，基於該新證據另提一件專利舉發。
另一值得探討之問題是：在新專利法下，於舉發階段專利權人提出申請專利範圍更正之申請，被當作對專利有效性維護的防禦方法之一。但於行政訴訟階段，法院審查新主張、新證據或其組合之情形，是否亦對等地給予專利權人考慮是否申請更正的時間甚至是給予提示（註：於智慧局階段，某些依更正可解決之明確性問題，智慧局可能給予專利權人機會更正之）？是否適於直接於判決中指出該專利即使經更正亦無法克服行政訴訟中所面對的有效性問題？凡此似均有待法院實務演進以解決之。