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法院變更審理計畫可能導致判決被廢棄
智慧財產法院在案件審理上，向來十分重視程序進行的效率，許多法官於第一次開庭時，除整理爭點外，亦會擬定初步的審理計畫，確認各爭點的審理順序，並與當事人約定書狀交換及開庭的時程，並記明筆錄，其後即依審理計畫進行調查及辯論程序。於訴訟過程中，法院亦會視攻防之情況，隨案件之進展而適時探詢當事人意見並調整審理計畫。此由法院成立初期即公告於官網上之「民事訴訟審理模式」（http://ipc.judicial.gov.tw/ipr_internet/index.php?option=com_content&view=article&id=26:2011-01-27-06-22-22&catid=52:2011-01-04-01-50-21&Itemid=100038）暨「行政訴訟審理模式」（http://ipc.judicial.gov.tw/ipr_internet/index.php?option=com_content&view=article&id=25:2011-01-28-02-49-57&catid=52:2011-01-04-01-50-21&Itemid=100038）均將「審理計畫」之擬定列為重要程序，即可明瞭。
惟目前智慧財產訴訟法規中，僅有智慧財產案件審理細則第30條第2項提及「審理計畫」（其法文為：「民事訴訟業經依本法第十七條第一項規定命智慧財產專責機關參加訴訟者，其期日之指定，宜參酌該機關意見，必要時得協商兩造、參加人，訂定審理計畫。」），至於相關母法中則無規定。關於審理計畫之執行與落實，以及若變更審理計畫是否可能導致判決違法，過去實務上少見判討。最高法院於今（109）年3月11日作成108年度台上字第1238號判決，明言「為使當事人就訴訟關係之事實及法律為適當完全之辯論，以保障其程序權，法院於指揮訴訟時，除應防止當事人一造受到來自他造之突襲外，亦應使當事人得以充分預測到法院之審理計畫，避免使其就程序之進行發生誤會，否則即屬闡明義務之違反。」；最高法院因而認定原判決違法，將全案廢棄發回智慧財產法院更審。
該案中，原審於終結準備程序前曾詢問兩造意見，原告請求調查損害賠償，受命法官表示，若認為被告未侵權或未不當行使專利權，即會作成終局判決，否則會作成中間判決，並進行損害賠償之調查。惟法院隨即終結準備程序進行言詞辯論，認定上訴人有不當行使專利權而侵害被上訴人權利之情事，遽為不利於上訴人之終局判決。最高法院因此認為原審之作為「與受命法官闡明之審理計畫有所出入，致上訴人未能就損害賠償部分為充分之防禦，其所踐行之訴訟程序，自有瑕疵」，因而將原判決廢棄發回。
由此可見，現行智慧財產相關法令雖未明訂「審理計畫」之效力及違反之效果，最高法院已在前開判決中宣示其重要性。倘若法院欲變更已訂定之審理計畫卻未適時知會當事人並給予表達意見機會，進而影響當事人程序上聽審權甚至是實體上答辯權，可能構成闡明義務之違反。