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智慧財產法院是否就智慧財產第二審民事案件有專屬管轄權？
智慧財產法院組織法第3條第1、4款及智慧財產案件審理法第7條規定，專利法、商標法等智慧財產相關民事案件之第一審及第二審，由智慧財產法院管轄。法文並未明訂是否為「專屬管轄」，智慧財產案件審理細則第9條則對此則指明：「智慧財產民事、行政訴訟事件非專屬智慧財產法院管轄，其他民事、行政法院就實質上應屬智慧財產民事、行政訴訟事件而實體裁判者，上級法院不得以管轄錯誤為由廢棄原裁判。」，其立法理由亦謂：「關於智慧財產民事事件之法院管轄，組織法採取優先管轄原則，智慧財產民事事件非專屬智慧財產法院管轄。」基此，實務上多數見解認為智慧財產法院對第一審民事、行政訴訟事件僅具有優先管轄，並非專屬管轄；於當事人向普通法院起訴且兩造均未請求移送智慧財產法院時，若普通法院仍裁定移轉管轄至智慧財產法院，該裁定將有被廢棄之風險。智慧財產法院甫於109年2月25日作成之109年度民著抗字第2號裁定即採此解；同法院較早之100年度民著抗字第2號民事裁定甚至臺灣臺中地方法院97年度訴字第2897號民事判決等，亦同此旨。
惟固然司法實務對於智慧財產法院就第一審民事訴訟僅有優先管轄權似已有共識，針對第二審案件則似有不同立場。特別是若訴訟當事人已合意由普通法院進行二審，則普通法院是否得將案件移送智慧財產法院？
智慧財產案件審理法第19條規定：「對於智慧財產事件之第一審裁判不服而上訴或抗告者，向管轄之智慧財產法院為之」，法文中亦未明示智慧財產法院就智慧財產事件之二審享有專屬管轄，而在該法甫施行之初，則似多採否定見解。例如，司法院98年6月22日舉行智慧財產法律座談會之民事訴訟類第2號研討結果指出：「智慧財產訴訟並非專屬智慧財產法院管轄，因而一般地方法院及高等法院對於智慧財產民事訴訟為實體裁判，並非違法。而審理法施行後就智慧財產民事訴訟仍由地方法院審理者，通常係當事人合意由地方法院管轄或有擬制合意之情形，則基於當事人為程序主體之地位，其意思應受尊重。」又，司法院於97年6月印頒「智慧財產案件審理法新制問答彙編」第10則，針對「普通法院為第一審管轄法院」之情形有謂：「當事人如合意或經擬制合意由第一審普通法院管轄（民事訴訟法第24條、第25條），由該法院獨任法官裁判，不服其裁判，應向第二審普通法院上訴或抗告；此因當事人原意由第一審普通法院管轄，第二審亦由普通法院管轄。例如：兩造當事人均居住於屏東縣，為避免北上至智慧財產法院開庭，而合意由臺灣屏東地方法院管轄，經地方法院判決後，第二審即由臺灣高等法院高雄分院管轄，以符合兩造當事人之原意。」。再由判決實務觀察，高等法院過往就智慧財產事件，如員工任職公司時盜取業務祕密違反僱傭合約（臺灣高等法院102年度重勞上字第52號民事判決參照），亦不認為屬智慧財產法院專屬管轄，而自為判決。綜上，針對智慧財產案件之二審，特別是在當事人已有合意之情況，似應認智慧財產法院僅具有優先管轄，方屬對當事人程序主體權之保障。
惟最高法院於108年5月22日所作成之108年度台抗字第381號裁定（前審為臺灣高等法院106年度重上字第55號裁定），其以智慧財產案件審理法第19條立法理由所稱「目前智慧財產第一審民事事件並非由智慧財產法院專屬管轄，倘由普通法院管轄，亦係由各地方法院之智慧財產專股受理，為統一法律見解，其上訴或抗告自『應』由專業之智慧財產法院受理。惟現行條文第2項對於普通法院所為智慧財產第一審民事裁判之上訴或抗告管轄法院，未臻明確，爰酌修第2項之文字，以杜爭議」等語，而認為「該條法文雖無『專屬』之用語，仍足認智慧財產事件之第一審民事裁判經提起上訴或抗告之管轄法院，僅智慧財產法院實質上有專屬管轄之權，俾達統一法律見解之功。此參稽智慧財產案件審理法施行細則第5條第1項關於『智慧財產案件審理法施行前已繫屬於最高法院之智慧財產民事訴訟事件，或本法施行後不服高等法院裁判之智慧財產民事訴訟事件，經最高法院廢棄者，除由終審法院自為裁判者外，「應」發交智慧財產法院』之規定尤明。是以此項第二審專屬管轄法院，即無合意或應訴管轄之適用。」
就此，近來法院似乎傾向認為智慧財產案件審理法第19條雖無明文，然實質上屬於專屬管轄規定，故無論智慧財產民事案件第一審為普通法院或智慧財產法院審理，亦無論當事人有無交由普通法院管轄之合意，智慧財產民事案件之二審應由智慧財產法院管轄，若繫屬於普通法院者，應移送予智慧財產法院，程序上方無違誤。是否將成為通論，仍可觀察。