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智慧財產法院於行政訴訟中是否需等待智慧局准駁專利更正申請？
基於智慧財產案件審理法第33條第1項規定，當事人於專利舉發行政訴訟程序中得就同一專利撤銷事由提出新證據，司法實務為兼顧專利權人因新證據之提出未能及時於舉發階段向經濟部智慧財產局（下稱智慧局）提出更正申請之權利，已肯認專利權人得於專利舉發行政訴訟程序中提出更正之申請（最高行政法院100年度判字第1820號判決等參照）。最高行政法院復於104年度4月份第1次庭長法官聯席會議（二）決議中進一步要求，若舉發人於行政訴訟中所提新證據足以證明系爭專利請求項不具可專利性，專利權人應於該訴訟言詞辯論終結前向智慧局申請更正並向智慧財產法院陳明相關事證，否則法院即可逕命智慧財產局為舉發成立、撤銷專利權之處分。
然而，若專利權人於行政訴訟中提出更正申請，智慧財產法院是否需待智慧局之審定結果方得判斷？即有疑義。最高行政法院於105年6月30日作成之105年度判字第337號判決中，對此項法律問題明確表示見解。
此案之原審判決為智慧財產法院103年度行專訴字第97號；智慧財產法院以智慧局至其判決時仍未陳報更正申請之審查結果為由，而以原公告之申請專利範圍為審查，認定訴願決定及原處分應予撤銷，並表明專利權人既已提出更正，有待智慧局依原審之法律見解另為適法之處分，故認為案件應回復至舉發程序，由智慧局重新審查。
然而，智慧財產法院上述判決卻遭最高行政法院卻以105年度判字第337號判決廢棄。最高行政法院認為：更正與否關涉系爭案專利技術特徵之解釋與確定，故是否合於專利法所規定之更正要件、以及更正後之內容為何，智慧財產法院應待智慧局的更正處分結果始得判斷。再者，如專利之申請專利範圍不確定，則無從進行進步性判斷，是若專利權人已依法申請更正，自應待更正處分，並提示更正處分內容，使當事人得為事實上及法律上適當完全之辯論，及必要之聲明及陳述，始可謂已經當事人充分辯論，方得作成判決。因此，原審就進步性之判斷雖有理由，惟應待更正處分之結果，再依更正結果為裁判，不得僅撤銷訴願決定及原處分、回復舉發程序。
最高行政法院此項保守見解，是否對於一向積極就專利案件各項爭點自為判斷的智慧財產法院審判實務造成衝擊，甚至影響行政訴訟程序之適時終結，仍有待觀察。