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專利權人於舉發行政訴訟中應及早評估更正請求項之必要性
專利權人於舉發審查程序中，得視舉發事由及舉發證據之強度，依專利法第67條之規定向智慧財產局申請更正。當智慧財產局已認可專利之有效性並作成舉發不成立之審定，舉發人先提訴願隨後再向智慧財產法院提起行政訴訟時，可依智慧財產案件審理法第33條規定就同一撤銷理由提出新證據，以強化專利無效之理由，並一次解決紛爭。過去智慧財產法院於認此等新證據足以證明系爭專利不具可專利性時，為平衡雙方利益並尊重智慧財產局之第一次判斷權，在系爭專利可能透過更正迴避新證據之攻擊時，多僅撤銷智慧財產局之原處分，將案件發回該局重新審查，俾使專利權人有機會更正其請求項，以兼顧舉發人及專利權人之權益。此種作法，原曾獲最高行政法院支持，例如100年度判字第1820號判決等。
惟最高行政法院2015年度4月份第1次庭長法官聯席會議（二）之決議已調整上開實務作法。該決議認為，若事實審法院認為原舉發證據或舉發人於行政訴訟中所提新證據足以證明系爭專利請求項不具可專利性，而專利權人於該訴訟言詞辯論終結前，未向智慧財產局申請更正、亦未向智慧法院陳明相關事證者，法院即可逕為課予義務判決，命智慧財產局為舉發成立、撤銷專利權之處分。
智慧財產法院於2015年1月15日之103年度行專訴字第69號判決中，原僅依舉發人所提新證據，判決撤銷原處分並將系爭專利發回智慧財產局另為處分。經上訴後，最高行政法院於2015年9月24日作成之104年度判字第559號判決，諭示智慧財產法院應直接判命智慧財產局為舉發成立、撤銷專利權之處分，而不能只是撤銷原處分。本案發回更審後，智慧財產法院遂於2016年4月7日作成104年度行專更(一)字第8號判決，判命智慧財產局應為系爭專利請求項1至4（即全部請求項）舉發成立，撤銷專利權之處分。法院並以舉發人遲至訴訟階段始提出足夠的舉發證據證明系爭專利應予撤銷，故即使其獲得全部勝訴之判決，仍應負擔一半之訴訟費用。
最高行政法院前述2015年度4月份第1次庭長法官聯席會議（二）決議內容，已成為專利舉發行政訴訟的重要原則，專利權人尤應加以注意。換言之，即便專利權人於舉發階段獲得有利審定，俟至行政訴訟階段卻發現舉發人所提出之新證據可能有撤銷系爭專利之風險時，應更積極地評估提出更正之必要性並儘速採取行動，以降低法院逕為撤銷專利權判決之機會。