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行政法院得依職權探知舉發人未提出之輔助證據
我國行政訴訟與民事訴訟就訴訟標的之範圍以及訴訟程序之啟動與撤回，均係採取處分權主義，惟針對法院之審理方式，民事訴訟與行政訴訟則有不同，民事訴訟採取辯論主義，為判決基礎之訴訟資料均應以當事人所聲明及所主張者為限，然行政訴訟依行政訴訟法第125條第1項及第133條之規定，主要係採取職權調查主義，縱使當事人未提出之資料，法院仍得依職權取得，不受當事人之拘束。
但專利有效性爭議程序之行政訴訟，學說及實務上多認為因其性質偏向私人間紛爭，較無公益色彩，故應採取當事人主義，由當事人對其主張負舉證責任；歷來專利法均規定舉發人應提出舉發理由及證據（現行專利法第73條第1項、第4項等規定參照）。最高行政法院88年度判字第3748號判決即揭示：「專利異議案件審查係當事人進行主義，其舉證責任在當事人」； 90年度判字第952號判決亦明揭：「專利舉發案係採當事人進行主義，被告之審理即以舉發當事人所提之理由及證據作為審查之依據」；行政法院僅能「在已知之事實、當事人之聲請或主張及卷內已有資料內」，「依職權調查」事實及證據，最高行政法院判決102年度判字第385號判決闡述甚詳。
依前述司法實務見解，專利有效性爭議（現行法僅有舉發程序）之行政訴訟中，應由當事人提出證據，行政法院充其量只能在當事人主張之範圍內依職權調查，而不得對當事人未聲請、未主張且法院尚未知之事實及證據進行職權探知，然而，最高行政法院在105年1月28日105年度判字第41號判決中，似對於先前之見解有所修正，肯認行政法院得就與舉發證據相關連之輔助證據進行職權探知。
此一判決之理由為：「於專利舉發事件，基於處分權主義，行政法院固應僅就舉發人所主張之舉發理由及其所提之舉發證據加以審查，以判斷系爭專利應否撤銷。然此並非謂法院審理時，除了舉發證據之外，不能再就基於同一基礎事實之關連性輔助證據加以調查。蓋專利行政訴訟寓有促進產業發展之公益目的，專利權應否撤銷非限於私利之考量；而輔助證據係用以補充證明原有舉發證據之證據能力或證明力之用；倘舉發證據之可信度尚有不足，致法院無法獲得明確之心證時，基於公益之考量，法院非不得依職權調查與舉發證據相關連之輔助證據，以期發現真實。」
該個案之事實為系爭專利為一種矽耐板製造方法，包含：原料、開棉、梳棉、積棉輸送、軋針、捲取、上膠、壓縮成形、裁剪及成品包裝等10個製造步驟，然而引證案僅揭露系爭專利所界定之原料、梳棉、軋針、上膠、壓縮成形及剪裁等6個製造步驟，剩餘4種步驟並未有相關記載。原審智慧財產法院乃職權探知相關連性之先前技術，並以2份當事人所未提出之輔助證據，認定前述未經引證案所開示之4個製造步驟，係屬所屬領域具通常知識者於申請時所明確知悉之通常知識，進而認定系爭專利欠缺進步性。
此一案件經專利權人上訴至最高行政法院，最高行政法院亦肯認原審法院以紡織技術領域之專業知識之角度，在同一舉發證據之範圍內，依職權調查證據，並依智慧財產案件審理法第34條準用同法第8條之規定，事前公開心證令當事人辯論，於法並無不合。
由上述見解可知，司法實務似已擴張專利舉發行政訴訟調查之範圍，對於本於同一基礎事實之關連性輔助證據，縱使當事人未為提出，行政法院仍可進行職權探知，以判斷是否為所屬領域具通常知識者於申請時所明確知悉之通常知識；惟該探知之證物需事前公開心證令當事人辯論，始得為裁判之基礎。然而，倘若此見解廣泛為審理專利舉發之行政法院所採行，似與舉發案本屬私人紛爭之特性不符；法院主動介入尋找足使系爭專利無效之新證據並以「通常知識」為名而迴避專利法所定舉發人應提出舉發證據之原則，可能影響舉發人與專利權人間之武器平等，亦使行政機關失去其「第一次處分權」之權能，是否妥適，似有疑問。