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專利舉發行政訴訟中舉發人提出新證據之限制
由於專利法原則上並未限制舉發提出之次數及時點，為避免反覆舉發及後續行政爭訟，智慧財產案件審理法（下稱「審理法」）第33條乃規定「當事人於撤銷專利權之行政訴訟中，在言詞辯論終結前就同一撤銷理由提出之新證據，智慧財產法院仍應審酌之」，以促成紛爭一次解決。
前述審理法第33條之規定提供舉發人於行政訴訟中新增舉發證據之機會，惟該條文之適用是否存有限制？蓋舉發行政訴訟可能是舉發人就「舉發不成立」之審定而提起之課予義務訴訟，或是專利權人就「舉發成立」之審定所提起撤銷訴訟；上開規定適用於前者情況固無疑問，但於後者，舉發人既已在舉發行政程序階段獲得有利之判斷，是否適宜允其於專利權人提起之撤銷訴訟中要求法院審酌新證據？即有爭議。
最高行政法院100年度判字第2247號行政判決對此採取否定說，其認為審理法第33條第1項之立法理由係避免再為舉發所衍生另一行政爭訟程序之問題，參以同條第2項設有「智慧財產局就該新證據應提出答辯書狀」之程序要求，故應僅容許舉發人為原告時（即舉發人對智慧財產局之「舉發不成立」審定不服，而以智慧財產局為被告所提起之行政訴訟）始能提出新證據。然而，智慧財產法院近來似有基於紛爭一次解決之目的而傾向肯定說，亦即：即便是專利權人就「舉發成立」之審定不服所提起之行政爭訟中（即專利權人為原告之情形），舉發人所提出之新證據或新證據組合仍得審酌。
由上可知，關於審理法第33條第1項規定是否限於「舉發人為原告」時始有適用，我國司法實務上似尚未形成共識。最高行政法院106年度判字第177號行政判決已意識到此問題，但其僅表示此為法律見解歧異，而認上訴人不得據以認為原確定判決適用法規顯有錯誤。
依最高行政法院104年度4月份第1次庭長法官聯席會議決議及最高行政法院106年度判字第442號等判決意旨，於有新證據提出之情況，智慧財產法院應確認專利權人是否「已向智慧局提出更正之申請」，且程序上「該新證據應經當事人充分辯論」並「經法院適當曉諭爭點」，法院始得依據審理法第33條第1項規定，以新證據變更原處分之審定。準此，當專利權人為原告時，因其已受「舉發成立」之審定，依目前智慧財產局實務，其已無從再就舉發人嗣後提出之新證據而採取「更正請求項」之防禦方法；倘若智慧財產法院審理後認為專利權人起訴雖有理由，但舉發人之新證據仍足以證明系爭專利不具專利要件時，在專利權人無法因應更正其請求項之情況下，是否適宜僅因紛爭一次解決及舉發人舉證權益之考量即逕採前述肯定說，導致專利權人之程序及實質利益無法獲得平衡兼顧，仍有再予斟酌之必要。